Berdiri pada tahun 1986 dengan Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan RI No. 0886/O/1986 tentang Pembukaan dan Penegrian Sekolah Menengah Umum Tingkat Pertama, tanggal 22 Desember 1986. Waktu itu dengan nama SMP Negeri 6 Temanggung dengan Kepala Sekolah, guru dan karyawan yang mengampu dari SMP Negeri 1 Bulu.

Pada waktu SMP Negeri 6 Temanggung berdiri belum mempunyai gedung, sehingga menumpang di SMP Negeri 3 Temanggung masuk siang hari setelah proses belajar mengajar SMP Negeri 3 Temanggung selesai. Kondisi seperti ini berjalan selama 3 (tiga) tahun. Secara bertahap guru dan karyawan yang mempunyai SK CPNS maupun wiyata bakti menggantikan guru dan karyawan pengampu dari SMP Negeri 1 Bulu.

Pada tahun 1989 dibangun unit gedung baru di atas tanah bengkok desa Walitelon yang terletak di Dusun Krikil Desa Walitelon dengan Keputusan Bupati Temanggung nomor 09/BNG Tahun 1989 tentang Pemberian Ijin Bangunan tanggal 22 Juni 1989. Setelah pembangunan  gedung selesai, semua siswa kelas VII, VIII dan IX beserta guru dan karyawan pindah dari SMP Negeri 3 Temanggung menempati gedung baru yang beralamat di Jalan Walitelon – Temanggung.

Pada tahun 2004 terjadi perubahan nama SMP Negeri/Swasta di Kabupaten Temanggung dengan Keputusan Bupati Temanggung nomor 421/126/2004 tentang Penyesuaian Nomenklatur Jenjang Pendidikan Dasar sampai dengan Tingkat Lanjutan di Kabupaten Temanggung. Yang semula dengan nama SLTP Negeri 6 Temanggung berubah menjadi SMP Negeri 5 Temanggung.